sejarah berdirinya desa kebonagung erat kaitannya dengan hari jadi Kabupaten Kendal serta berdirinya Negara Republik Indonesia NKRI, berdasarkan Undang-undang dan peraturan pemerintah dalam struktur pemerintahan desa dibawah pemerintahan kabupaten.

Babat desa kebonagung berawal pada jaman kerajaan Islam Demak sampai kerajaan Mataram Islam, yang sekarang menjadi wilayah daerah Yogjakarta yang di pimpin oleh kesultanan hadiningrat, yaitu Kanjeng Dalem Sinuwun Sri Sultan Hamengkubuwono.

Hubungan berdirinya Kendal dengan Mataram berdasarkan sejarah di kota gede yogjakarta dibuktikan dengan peninggalan sejarah di wilayah Kendal hingga sekarang yaitu tanah masjid kaliwungu dan tanah masjid Kendal juga hutan alam / hutan jati lindung. kalau sekarang, yang berada di Desa Darupono Kaliwungu selatan serta peninggalan-peninggalan lainnya.

Bersamaan sejarah Kendal, nama Desa Kebonagung berawal dari datangnya seorang prajurit yang bernama Ki tunggul asal datangnya dari mataram, yang labuh di dusun welang sekitar desa Kebonagung, yang kemudian menjadi abdi pangeran welang atau sebutan pangeran sentono, kemudian dian menjadi pekatik ( ngopeni/cari rumput untuk makan kudanya ) setelah pengabdiannya lama dia diutus untuk menjaga wilayah kekuasaan pangeran Sentono yaitu di wilayah arah utara, selanjutnya Ki Tunggul membuat depok di kebon yang luas dan orang pertama yang membubak tanah belantara sampai bercocok tanam, karena tanah yang di garap kelihatan luas dan agung, maka ki Tunggul memberi nama Kebonagung, sampai dia wafat dan sampai sekarang makam Ki Tunggul di keramatkan dan di lestarikan.

Adapun desa kebonagung dari tahun 1915 sampai dengan sekarang telah terjadi beberapa kali kepemimpinan yang terbagi dalam beberapa periode, Yaitu :

Jabatan Kades Kebonagung mulai 1915

Untuk itu mayoritas Penduduk Kebonagung memiliki sosial budaya yang sangat tinggi kebudayaan yang ada antara lain pada spiritulnya seperti halnya pengajian, selasanan , maulid, serta jamaah-jamaah yang berkaitan dengan islam.

Letak Geografis

Berdasarkan letak geografis wilayah, desa kebun agung sebelah selatan ibu kota kabupaten Kendal. Desa kebun agung salah satu desa di kecamatan Ngampel Kabupaten Kendal, dengan jarak tempuh ke ibu kota kecamatan 1Km, dan ke ibu kota  kabupaten dapat di tempuh 7,5 Km dan dapat ditempuh dengan kendaraan 15 menit. Desa Kebonagung berbatasan dengan desa sumber sari di sebelah barat di sebelah utara perbatasan dengan ngampel kulon luas wilayah daratan kebon agung adalah 161 Km2, dengan panjang pantai 12 Km, luas yang ada terbagi dalam beberapa peruntuhkan dapat di kelompokkkan seperti untuk fasilitas umum pemukiman, pertanian, kegiatan ekonomi dll

Secara administratife wilayah Desa Kebonagung terdiri dari 14 RT dan 4 RW, meliputi ( peta desa terlampir )

Secara topografi, Desa Kebunagung terbagi dalam dua wilayah, yaitu wilayah pantai di bagian utara wilayah daratan di bagian tengah, wilayah pegunungan di bagian selatan.

Dengan kondisi topografi demikian, Desa Kebunagung memiliki variasi ketinggian antara 12 M sampai dengan 13 M  dari permukaan laut. Daerah terendah di wilayah RT 02, RW 03 dan daerah tertinggi di wilayah RT. 03, RW. 02

Untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat, khususnya di sector pemerintahan umum, Desa Kebunagung sudah sejak lama memberikan pelayanan antara lain berupa : pencatatan sipil/surat – surat keterangan perkawinan yang telah teradminitrasi dengan baik. Selain itu guna memenuhi persyaratan adminitrasi dengan baik. Selain itu guna memenuhi persyaratan adminitrasi perijinan, dan juga telah secara rutin memberikan surat keterangan usaha kepada warga masyarakat desa maupun pihak lain yang akan membuka usaha di Desa Kebunagung. Pengadminitrasian perijinan juga telah dilakukan dengan baik , meskipun diperlukan penyempurnaan / perbaikan demi kepentingan  kearsipan

Ketentraman dan ketertiban desa menjadi prioritas desa kebonagung. Hal itu dikarenakan dengan terjaminnya ketentraman dan ketertiban wilayah akan berdampak pula dengan kondisi perekonomian masyarakat, kerukunan atau kegotongroyongan, dan kehidupan yang layak bagi masyarakat desa kebunagung dan sekitarnya . kesemuanya itu akan berdampak positif terhadap oerencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pembangunan di Desa Kebunagung.